Incentas[]
Es un enemigo que cambia de poder elemental en orden de fuego, agua y rayo.
Copy X[]
Él es una copia del X original. No es perfecto, pero sí muy fuerte.
Zero del futuro[]
Es el Zero que se nos presenta en la serie X con un cuerpo evolucionado para aparecer en la serie su mismo nombre.
Wild Jango[]
Un maverick con poder elemental rayo. Es muy veloz, pero fácil de derrotar en MMX: Command Mission.
Redips[]
El superior de X y Zero en MMX: Command Mission. A pesar de comenzar como el líder de ambos hunters, su verdadera meta es apoderarse del Supra-Force Metal, con el fin de aquirir un poder casi infinito. Para lograr su cometido, se hace pasar por Spider con una habilidad de copia similar a aquella que posee Axl ("Redips" es "Spider" deletreado a la inversa).
Epsilon[]
El máximo líder de la Rebellion Army. Este maverick tiene como objetivo tomar poder sobre el Supra-Force Metal.
Nine Tails[]
Nine Tails posee un ataque llamado Nine Fragments, el cual resta 999 puntos de HP a su oponente en 10 golpes.
Marino[]
Puede ejecutar muchos ataques, tales como como robar ítems a sus oponentes o triplicarse para atacar con mayor potencia.
Duckbill Mole[]
Un maverick de tipo fuego. Al vencerle en MMX: Command Mission, se desbloquea la armadura Absolute Zero.
Massimo[]
Porta la armadura del legendario guerrero de mismo nombre, quien le brinda sus poderes antes de morir.
Dr. Psyche[]
Un importante líder dentro de la Rebellion Army. Al vencerle en su primera forma, revive como Mad Nautilus.
Ferham[]
Una de los Cadres de la Rebellion Army. A pesar de intentar detener a X y su equipo de llegar a Epsilon y el Supra-Force Metal, ella les ayuda en su batalla final contra Great Redips.
Silver Horn[]
Un maverick de elemento agua. Posee el ataque Criogenics, que congela a su oponente y le infringe daño.
Mad Nautilus[]
La segunda forma del Dr. Psyche. Cuenta con una resistente coraza que lo hace casi invulnerable a cualquier ataque, excepto si este se dirige exactamente a su cabeza.
Shadow[]
Compañero de X y Zero al principio de MMX: Command Mission, quien eventualmente se une a la Rebellion Army y combate contra sus antiguos camaradas.
Spider[]
Un misterioso cazarrecompensas quien se encuentra dispuesto a apoyar incluso a la Rebellion Army con el fin de obtener dinero, aunque al final decide unirse a X y su equipo en su lucha contra los mavericks. Zero no le tiene confianza cuando este se reincorpora al equipo de X, debido a su pasado como embustero. No obstante, Spider es quien lo salva de un ataque letal por parte de Shadow, quedadndo gravemente dañado.
Scarface[]
Otro de los Cadres de la Rebelión. El equipo de X pelea contra él en dos ocasiones, y regresa más fuerte que la vez anterior. Él es el último jefe que se debe enfrentar antes de encarar a Epsilon.
Mach Jentra[]
Maverick de tipo fuego, quien controla la fábrica de mecaniloides.